Thomas Watson urodził się prawdopodobnie w Yorkshire.Studiował w Emmanuel College w Cambridge,gdzie w 1639 roku uzyskał bakalaureat nauk humanistycznych [Bachelor of Arts],a w 1642 roku Magisterium [Master of Arts].
W czasie studiów w Cambridge dał się poznać jako pilny student. Po zakończeniu nauki przez pewien czas mieszkał u rodziny purytańskiej damy Mary Vere, wdowy po Sir Horacym Vere, baronie Tilbury. W 1646roku Watson został wykładowcą – kaznodzieją w kościele św.Szczepana w Londynie. Służbę tę pełnił przez około dekadę, a następnie przejął obowiązki proboszcza tego kościoła, które wykonywał przez kolejne sześć lat. Ok 1647r. Watson ożenił się z Abigail Beadle, córką Johna Beadle’a, pastora purytańskiego z hrabstwa Essex .
W okresie 13 lat wspólnego pożycia urodziło im się przynajmniej siedmioro dzieci, przyczym czworo z nich zmarło w dzieciństwie. W czasie wojny domowej, Watson wyrażał swoje silne prezbiteriańskie przekonania. Z drugiej strony podkreślał także swoją sympatię do króla. Wraz z innymi pastorami prezbiteriańskimi udał się osobiście do Olivera Cromwella, by zaprotestować przeciwko egzekucji króla. W 1651 roku został wtrącony do więzienia razem z Christopher Love’em, Wiliamem Jenkynem i kilkoma innymi duchownymi za udział w spisku mającym na celu przywrócenie monarchii. Love został ścięty, zaś Watson i pozostali zostali zwolnieni po złożeniu podania o łaskę. W 1652 roku Watsona formalnie przywrócono do urzędu pastora Kościoła w Walbrook w Londynie. W 1662 roku po wejściu w życie „Ustawy o ujednoliceniu”, został usunięty z urzędu pastora. Pomimo to kontynuował głoszenie kazań na zgromadzeniach prywatnych zawsze, ilekroć miał ku temu okazję – w stodołach, domach i lasach.
W 1666 roku, po Wielkim Pożarze Londynu, Watson przygotował dużą salę na miejsce odbywania nabożeństw, przyjmując każdego chętnego. W 1672 roku, po wejściu w życie „Deklaracji pobłażliwości” Watson uzyskał licencję duchownego zgromadzenia w budynku Crosby Hall, położonym niedaleko ulicy Bishopsgate, należącym do Sir Johna Linghama, protektora dysydentów. Przez trzy lata kazania w tym zgromadzeniu wygłaszał sam Watson. Później dołączył do niego Stephen Charnock, który aż do śmierci w 1680 roku usługiwał wspólnie z Watsonem. Watson pracował dopóty, dopóki pozwalał mu na to stan zdrowia. W 1686 roku wycofał się ze służby i przeniósł do Barnston w hrabstwie Essex, gdzie nagle zmarł podczas modlitwy.
Został pochowany w grobowcu swojego teścia, który pełnił służbę duszpasterską w Barnston. Watson był kaznodzieją i pisarzem. Jego reputację umocniła zawarta w jego pismach głębia doktrynalna, klarowność wyrażeń, ciepła duchowość, miłość do praktycznego zastosowania nauki, oraz umiejętnie podane ilustracje. Do dzisiaj jego książki cieszą się dużą poczytnością.
Redakcja Maciej Stasiak